Las principales versiones de UNIX, así como Microsoft Windows NT, 2000 y XP especialmente, siguen la estrategia de incluir solamente ciertos paquetes de software como parte del sistema operativo inicialmente adquirido. Sólo se puede establecer una comparación superficial entre los sistemas operativos de Microsoft y los UNIX, ya que la cantidad de capacidades básicas disponibles en cualquier UNIX genérico sobrepasa a las de NT, 2000 y XP.
A pesar del aumento de la cantidad de software instalado y de líneas de código de Microsoft Windows NT a 2000, éste aún carecía de capacidades básicas de servidor comparado con UNIX/Linux. Igualmente, XP tampoco añadirá muchas de esas funcionalidades de servidor sin un coste adicional.
Los costes de la certificación Microsoft para personal de TI siguen siendo mucho más caros proporcionalmente que los de UNIX/Linux. Normalmente un candidato a MCSE atenderá a 12 cursos (antes de examinarse) para obtener la certificación. Los candidatos a UNIX/Linux normalmente pueden obtener el certificado de un fabricante importante en menos de 4 cursos antes de examinarse, gracias a la innata facilidad de aprendizaje y sensatez de UNIX/Linux. Algunos dicen que UNIX/Linux es críptico y difícil de aprender. Para los muchos que han aprendido a usarlo de manera fácil, especialmente dentro de la actual y siempre creciente comunidad de usuarios de Linux, esta desinformada opinión resulta sorprendente.
En el área del software incluido (disponible como parte de la instalación del sistema operativo), Linux es el campeón absoluto, sin ninguna duda. Por ejemplo, una instalación completa de Mandrake Linux 9.x puede instalar 1,5 GB de software de calidad totalmente gratis. Ese software incluido varía en funcionalidad, desde servidores avanzados para Internet (Servidor Web Apache, Servidor de News INN, Sendmail, etc.), servicios de impresión, administración de red remota o bases de datos, hasta paquetes ofimáticos completos, y más.
A finales de 2002, los medios de la industria de la computación han tomado el camino hacia el creciente número de estudios independientes que muestran que el TCO (Coste Total de Propiedad) de Linux no es solo algo mas bajo que el de Microsoft Windows, si no mucho mas de hecho. Como los ejecutivos de Microsoft reconocen ahora claramente, no hay mejor precio que gratis, y como los líderes de TI han visto ahora en sus propios entornos, no hay mejor relación entre la administración y el ordenador que con Linux. En la misma area TCO, UNIX ha recibido un golpe particular, debido a la naturaleza inherentemente costosa de las soluciones de harware propietario. Tomando el contexto de los deseos de disponibiidad, capacidades, potencia y flexibilidad de una organización, las soluciones UNIX todavia son populares y "dignas" contabilizarse en los presupuestos, pero la distancia entre estas y las soluciones Linux se está acortando rápidamente.