La configuración de PyKota se realiza en dos archivos: /etc/pykota/pykota.conf y /etc/pykota/pykotadmin.conf. Como dichos archivos son suficientemente explicativos, sólo se van a realizar una serie de apuntes sobre los mismos. Refiérase a los apéndices: Apéndice AE, Archivo de configuración /etc/pykota/pykota.conf y Apéndice AF, Archivo de configuración /etc/pykota/pykotadmin.conf para ver un ejemplo de configuración de PyKota.