Algunos MBD implementan sus propios sistemas de archivos, manejando directamente particiones o discos completos. Esto se ha hecho principalmente para facilitar la portabilidad y hacer más eficiente esta parte. Sin embargo, PostgreSQL utiliza el sistema de archivos del sistema operativo huésped y en el caso de los derivados de Unix, esto ha mostrado ser eficiente a la vez que mantiene la portabilidad.