Una de las debilidades de Slackware se encuentra en el sistema de instalación de paquetes, el cual no tiene control de versiones ni dependencias. Las nuevas distribuciones han implementado y adoptado dos sistemas de instalación de archivos RPM (RedHat Package Manager) y DEB (Debian Package Manager). Cada programa distribuido de esta forma es un archivo comprimido, que se identifica por la extensión rpm o deb y proporciona una descripción de lo que contiene, la versión del programa, su ubicación en el sistema, validez de la firma electrónica y las dependencias con otros programas o librerías; por ejemplo, un determinado paquete puede necesitar de otro para su correcto funcionamiento, por lo que se dice que es dependiente del otro. De esta forma se garantiza el éxito del proceso de instalación de una aplicación y la estabilidad a largo plazo del sistema.